Районът на Рупите е разположен в Югозападна България и притежава ярка специфичност, която го отличава от останалите области в страната. Местността представлява кратер на изгаснал вулкан, а обликът є се оформя от вулканичния хълм Кожух, термалните извори и хълма Пчелина.

Рупите са част от Струмския сеизмичен район, известен като един от най-активните в страната. Надморската височина е малка. Липсват големи селища, промишлени предприятия и пътни връзки с голямо натоварване. Климатът, както по цялата Струмска долина на юг от Кресненското дефиле, е континентално-средиземноморски. Зимите са меки, а летата – прочути със своите високи температури. Валежите са малко, предимно през есенно-зимния период.

Рупите са прочути с термалните си извори. Те притежават високи лечебни свойства, които привличат голям брой посетители. Дебитът им е 35 л/сек., а температурата – 71 градуса.

Тези уникални природни условия от край време са привличали хората, които тук са установявали своите селища. Вулканичният хълм Кожух е бил културен и религиозен център на района. Намерени са следи от хилядолетно човешко присъствие. Керамични фрагменти от времето на еолита са най-ранните находки. Те оформят представата за хармонично съжителство на хората с природата, традиционни култове към слънцето и преклонение пред земните и небесни сили.

В края на бронзовата епоха траките завладяват района. По време на техния разцвет (4 в. пр. н. е.) на Кожух възниква голям и оживен град.

През Средновековието в близост е основан манастирът “Св. Пантелеймон”. На негово място сега е запазен малък параклис.

Археологичните останки от Кожух и прилежащите земи са под защита на закона.

Алувиалните почви покрай реките Струма и Струмешница, съчетани със специфичния климат, определят развитието на естествена влаголюбива горска растителност – върби, тополи, елша и източен чинар. В района са разпространени топлолюбиви широколистни съобщества с участието на средиземноморски представители. Особено интересни са храстовите и тревните съобщества, в които тях участват редица редки и застрашени от изчезване видове. В миналото естествено разпространени са били дъбовите гори с участието на цер и благун. Сега повечето от тях са унищожени и обликът на района е силно променен.

В Червена книга на България са включени 13 вида растения от района, а 8 от тях се срещат на Кожух. Най-характерни са едрият змиярник (Dracunculus vulgaris Schot.), чието единствено находище в България е тук, вебиевият бадем (Amygdalus webbii Spach.) и широколистният мразовец (Colchicum bivonae Guss.). На хълма Пчелина е установено единственото в страната находище на катерливата ефедра (Ephedra campylopоda C. A. Ker.)

Специфичните климат и растителност определят наличието на изключително богата фауна с представители както на топлолюбиви видове, характерни за южната част на страната, така и на видове със северен произход. Много от тях са редки или застрашени от изчезване. Тук се среща малкият речен кефал (Leuciscus borysthenicus) – вид с локално разпространение. От земноводните интерес представлява балканската чесновница (Pelobates syriacus balcanica). В района са установени почти всички видове змии, разпространени у нас. Рупите е едно от малкото места в България, където могат да се наблюдават двата вида сухоземни и двата вида сладководни костенурки – една от тях е рядката каспийска блатна костенурка (Mauremis caspica).

В района на Рупите се срещат 201 вида птици, в това число редица средиземноморски, които рядко могат да се наблюдават другаде у нас. Тук минава Via Aristotelis – един от двата основни миграционни пътя през територията на страната.

Районът на Рупите е забележителен и с това, че тук близо една до друга се намират две защитени територии – Природната забележителност (ПЗ) Кожух и Защитената местност (ЗМ) Рупите.

ПЗ Кожух е обявена със заповед № 1746/1962 г. и разширена през 1975, а през 1996 г. е класифицирана като Корине сайт № 32 за България. Защитената територия обхваща вулканичния хълм с цел запазване на неговия уникален пейзаж и редките и застрашени видове растения и животни, които го обитават. Всъщност за защита е трудно да се говори, след като наложените забрани на практика не се спазват. Овце и кози се пасат целогодишно, въпреки ограничението за първите и пълната забрана за вторите. Бракониерството също не е рядко срещано. Предизвикан от небрежност пожар преди няколко години увреди екземпляри от редкия вебиев бадем. Както беше споменато по-горе, всички археологически останки на Кожух са под защита. За такива обаче едва ли вече може да се говори, тъй като те до голяма степен са унищожени от иманярите.

ЗМ Рупите е обявена със заповед № 385/1980 г. и опазва единствената заливна крайречна гора в българския участък на река Струма, съставена главно от бяла топола. За съжаление и тук думата “опазва” не е точно на място, защото се извършват множество нарушения, които сериозно увреждат гората и постепенно ще доведат до нейното унищожаване. Най-сериозното от тях е незаконната сеч, заради която неправителствени природозащитни организации няколкократно са информирали отговорните инстанции. Обликът на гората се променя съществено заради залесяванията с хибридна топола – вид, напълно нехарактерен за България. Към това се прибавя и бързото развитие на източноазиатския храст аморфа (Amorpha fruticosa), който отнема пространство на бялата топола и пречи на нейното естествено възобновяване.

В гората навлизат и пасат стада добитък.

Изградените покрай р. Струма диги и вдълбаването на речното корито спират нейното разливане и оводняването на гората, което води до съхнене на дърветата.

Всички описани дотук проблеми могат да се решат чрез ефективен контрол и чрез изготвяне и прилагане на планове за управление на двете защитени територии, които ще регламентират бъдещото им развитие.

Сдружение за дива природа – БАЛКАНИ започна проект “Да запазим защитените територии Рупите и Кожух” с основни цели запознаване на обществеността с природното богатство на района, подкрепа на природозащитния статут на двете територии и подобряване на тяхното управление.

В началото на месец септември (1.–15. 09. 1999 г.) в местността Рупите се проведе международен младежки екологичен лагер, част от споменатия проект. Участваха доброволци от различни страни – Япония, Франция, Белгия, Швейцария и България.

За двете седмици престой беше извършена значителна практическа работа. Тя се изразяваше в почистване на отпадъците в района и подновяване на маркировката по границите на защитената местност и природната забележителност. Бяха изработени и монтирани информационни табели, указващи дейностите, които не са разрешени в границите на защитените територии.

Лагерът беше проведен със съдействието на Държавно Лесничейство – гр. Петрич и ДФ “Калабак `99” гр. Петрич.

През януари 2000 г. в гр. Благоевград ще се проведе работна среща на всички заинтересовани страни за запознаване с биологичното разнообразие на двете защитени територии, обсъждане на екологичните проблеми на района и търсене на начини за тяхното решаване. На срещата ще бъде обсъдена концепция за разработване на планове за управление на ПЗ Кожух и ЗМ Рупите съобразно Закона за защитените територии. В процес на подготовка е и информационна дипляна.